公邸襲撃の緊急連絡を受けたマトボ夫妻は核シェルターに避難。ジャックたち一味は、夫妻を拘束しようとするが…。

ジャックはマトボ夫妻に真相を告げ、デュバクを捕らえるためにこのまま人質として彼の元へ行ってほしいと頼む。

オハイオ州キドロン郊外の化学工場に異変が。毒性の強い濃縮殺虫剤が大気中に流出するまであと15分！

大統領はジャックから政府内部の者がジュマ政権と組み、外交政策を妨害していると聞かされる。半信半疑の大統領だったが…。

ヘンリーは胸に被弾し重症を負う。現場から姿を消したデュバクが国外に出ると察し、ジャックは手がかりを探す。

釈放されたジャックとルネは、車を爆走させデュバク一味の車に乗り換えたマリカを必死で追跡する。

事故現場から病院に移送されていたデュバクは突然容体が急変し、息を引き取る。その頃…。

テロの標的は官邸だった。携帯電話を水でダメにしてしまったルネは何とかFBIにこの事実を知らせようとするが…。

ジャックと大統領は仕方なく投降、人質に加わる。しかし、ジャックは大統領にあることを耳打ちする。

病院から逃走したジャックは、拝借した監視カメラの映像から刺客の男を見つけだす。一方、官邸では…。

生物兵器はすでに国内に届いている、と知ったジャックはトニーに連絡し、港に向かう。一方、ケニンは…。

CDCはガスを浴びたジャックを検査。その頃、奪回した兵器と拉致したトニーを乗せたヘリは、黒幕ジョナス・ホッジスの元に向かっていた。

ホッジスの傭兵部隊に包囲されたモスたちは手も足も出ず足止め状態。しかし、FBIにいるジャックが突破口を見つけ…。

トニーは。スタークウッドに地対地ミサイルがあることに気づく。ジャックは極秘に破壊計画を進めることに。

傭兵はトニーの仲間だった。トニーはあろうことかモスを殺し、傭兵を逃がす。さらに自らを撃ち…。

治療を受けたジャックはマヒした喉から声を絞り出し、ルネに共犯者がトニーであることを伝え、緊急手配させる。

トニーの一味は自宅にいたジブラーンを捕らえ、テロの首謀者に仕立てあげるため証拠を捏造、そして声明を読ませ録画し始める。

トニーの相棒が、散布を最大にするため容器を改良した生物兵器を持ち、地下鉄へ。このままだと約1万人の通勤者が病原体にさらされる！

ジャックはカーラの指示でトニーを逃がすために護送車を乗っ取る。自由の身になったトニーはジャックを連行し…。

ジャックは再びトニーに捕まってしまう。そして、トニーはウィルソンの組織を倒すために一連の行動をとったと話し…。

あれから2年-アメリカ国内では短期間でのテロ攻撃が相次ぎ、被害者数が膨れ上がっていた。

ファイエドの拘束から逃れたジャックは、大統領にアサド急襲作戦を中止するよう呼びかける。

ジャックの情報が正しかったことを知った大統領の元に、ファイエドから電話が入る。

ファイエドの真の目的はハッサン・ヌメールの釈放にあった。自由の身となったヌメールは…。

残る核爆弾はあと4つ---ファイエドは残りの核爆弾を起爆設定できる技術者を探し始める。

ジャックは、グラハムが雇ったマッカーシーという下請け業者が核を横流ししていた事を知る。

決定的な裏切りの事実をつかんだジャックはCTUの協力の下、弟グラハムの身柄を拘束する。

マッカーシーは、700万ドルの報酬に目が眩んだ女に裏切られ殺害されてしまう。

ファイエドが核の起爆装置を持って逃亡。CTUはグレデンコがテロ計画に深く関与したことを突き止め…。

グレデンコの隠れ家を知るマリリンは、ジャックの父親に息子を人質にとられてしまう。