渠梁は「国恥」の石碑を彫った白駝を含む合計712名の処刑について衛鞅に反論。「秦の改革のため」と渠梁を説得するが、囚われた者たちを釈放するように大勢の民が衛鞅の元に押しかける。衛鞅は「1人でも不公平な処罰が実行された場合は、自分が処罰を受ける」と宣言し、死刑を実行。その後、第二の新法として「新田法」「新国人法」「新領土法」の3つを布告。井田制を廃止し土地所有を認めること、奴隷制を廃止すること、官奴婢・私奴婢・貧農などは自由民となり土地を分配されるという。それは貴族たちにとって損害となる法であった。

第二の新法が貴族たちに不利益となる法であったため、び県では白龍（白氏の族長）が解放奴隷への耕地分与を拒否。一方、解放奴隷は貴族が土地を分けようとしないと不満を募らせ、衝突が起きる。衛鞅は新法に逆らった白龍を逮捕。そして、新法の役割を語るも、断固として白龍は納得しない。国家に忠実な秦人が、法に逆らうはずはないと妙に思った衛鞅は、要因は宮廷と官吏にあると警戒する。背後に居るのは誰か。

衛鞅が白雪と再会した中、護衛の荊南が行方不明になり、何者かが衛鞅に刃を向けている謎の絵が落ちていた。その夜、黒い服をまとった集団が衛鞅を襲撃。衛鞅が話し合いを求めると、彼らは暗闇に消えていった。一方、視察のため地方へ出掛けた渠梁と黒伯もまた、騎馬集団に襲われるが、衛鞅の命令で駆けつけた車英に救われる。車英により墨家剣士の仕業であることが判明。改革への誤解を解く必要があると考えた渠梁は、墨家へ向かう。

地方視察を続ける渠梁は、百里遥の孫娘・玄奇と再会する。墨子の弟子である玄奇は力による改革に反発。正義を行うことを目的とした墨家に正当な改革を理解させるため、渠梁は玄奇に墨家の本営である神農山への案内を頼む。渠梁が神農山へ向かったと聞いた衛鞅は、すぐさま白雪の元に駆けつけるが、既に南山へ出発した後だった。そして、春小麦の収穫時期が訪れ、太子・駟が、後に農民の反乱となる事件を引き起こす。そんな中、渠梁は玄奇に導かれ、神農山に近づきつつあった。

玄奇に導かれた渠梁は、墨家の本営である神農山に入った。一方、隴西へ向かっていたえいけんとけい玉は途中、秦から出て行こうとする多数の農民を目撃。解放奴隷の村からび県の太子府庫へ貢納された小麦に、大量の砂が混入していたことに激怒した太子・駟が、農民らを虐殺し、反乱が起こっていることを知る。えいけんとけい玉は急いで朝廷へと引き返す。全てを知った衛鞅は、太子らを監視下に置く。そんな中、太子の暴行に怒った多数の農民らが朝廷に押し掛けてくる。

太子・駟の暴行に激怒し朝廷に押し掛けた農民らに、衛鞅は新法に従うことを発表する。太子は成人前だったため、新法の規定に従い体刑は免除されるが処分すること、勤勉な農民への恩賞、そして後見役・えいけんを鼻そぎの刑に処するなど、騒ぎに関わった者全てを公平に処罰することが伝えられる。衛鞅への信頼が強くなった農民らは村へと戻っていった。一方、神農山を訪れた渠梁は、墨家の第二代総師・禽滑厘と対面し、改革への和解が成立した。

太子・駟と農民の事件について、景監は「意図的に小麦に砂を混入した者がいるはずだ」と追求しようとする。それに対し、衛鞅は「捜査を進めても成果は上がらない」と意見。一方、えいけんが鼻そぎの刑に処されたことを知った渠梁は屋敷を訪ねる。渠梁は、「改革を止め、衛鞅を処刑し、一族で秦の再興を」とまで言うが、「改革のためには兄上が必要だ」とも訴える。しかし、えいけんは「お前の兄はもう死んだのだ」と言い残して、その場を立ち去る。渠梁は、太子・駟の宮廷追放を決定する。

更なる改革は「人口増加のための移民奨励」「県制の実施」「父子兄弟が一つの家屋に暮らすことの禁止」「度量衡の統一」「新たな軍制による軍の国府直属化」が定められた。ある時、太后から「衛鞅とけい玉の婚姻を望んでいる」と聞いた渠梁は、白家の秦国店舗支配人・侯贏に仲立ちを依頼する。白雪の存在を知っている侯贏は複雑な思いであったが、その話を伝えると、衛鞅は激しく動揺。悩みながらも、巡察のために衛鞅は商於へと向かう。

白雪との婚姻を望む衛鞅は、2人で秦を去ることを決意。だが、白雪は衛鞅に「天性の才能と魂を備えている。まさに政治家になるために生まれてきた人」と話し、更に「侯贏を通じて婚姻承諾の返事をした」と別れを告げる。白雪が秦を去った後、衛鞅は大良造および上将軍に昇格し、軍事と政治を統括する命が下される。その一方、衛鞅を敵と恨むえいけんがけい玉との結婚を許してはいないことに太后と渠梁は胸を痛めていた。

衛鞅は、密偵から魏軍が集結したとの情報を入手。秦は兵力の低下で、まだ大きな戦には耐えることが出来ない。新たな軍を作ることが唯一の策だと語る車英に、衛鞅は国尉と新軍の指揮を命じた。一方、衛鞅と渠梁は北阪の盆地へと向かう。衛鞅はこの地を咸が明るい地から「咸陽」と名付け、新しい都と決めた。咸陽を後に、衛鞅とけい玉は隴西へ向かう。そこで、けい玉は、「何年も消息が途絶えている駟（太子）の行方を捜索したい」と衛鞅に相談する。そしてけい玉は一人旅立つ。

けい玉は甥である駟の行方を探り当てる。山で遭難した駟は、斉出身の書生だと身分を隠し、商於県の黒林村へ辿り着いていた。そこで、改革で村の生活が向上していること、兵士として国に貢献したい村人が大勢いることを知る。数年後、駟は世話になった夫妻や村人に見送られ、黒林村を出発。その途中、相思相愛であった娘が駟を追いかけて来たが、別れを告げられた娘は谷に身を投げてしまう。一方、衛鞅と渠梁の元に魏国が動き出したとの情報がもたらされる。

魏国では中原の覇者として復活すべく、兵を起こそうとしていた。将軍・ほうけんは「先に秦を滅ぼすべきだ」と主張。秦が成長すれば天下を揺るがす国になる。成長途中で軍隊も弱い今をおいて、秦を滅ぼす時期は無いとした。だが、秦を小国だと軽視する公子昂や太子は先に「趙・韓を攻めるべきだ」と反発。魏国王もこれに賛成した。やがて、魏軍が趙に向かったと知らせが秦国に届く。衛鞅と渠梁は秦国にとって最大の好機だと改革を進める。

秦国改革を開始してから十数年後の紀元前342年、無敵の精鋭部隊が秦に誕生。故郷と国を守り河西の地を取り戻すべく軍容を整え、来るべき戦いに備えていた。その頃、魏では韓との決戦に将軍・ほうけんが反対。「韓の狙いは、陳と宋を併呑し斉と楚の勢力を切り崩すことであり、魏の覇業を助けるだろう」と主張した。だが、決戦は決定され、総師はほうけんが務めることになる。一方、韓では申不害が斉、楚、趙と同盟し、魏の来襲に備えていた。

魏軍との決戦により、韓人の血で染まった新鄭を見た韓公は憤死し、申不害も自害。その後、国力をほぼ使い果たした韓は衰退の一途を辿る。その頃、ほうけんは韓攻めを中止し、軍を撤退していた。だが、馬陵の道にて、韓から援軍の要請を受けた斉の攻撃により、ほうけんは戦死。わずかの兵が残るも覇権を失った魏軍は大敗した。一方、魏の大敗を知った秦では、衛鞅が咸陽への遷都、今こそ魏に奪われた河西を取り戻す時だと渠梁に進言する。

秦の新都は咸陽へと移され、失地回復へ向けて着実な歩みを進めていた。「秦は勝てる」と、一気に魏を攻める考えの車英に対し、渠梁は「油断してはならぬ」と慎重であった。渠梁は、まず住民の調査をし、1ヶ月以内に咸陽の守りを固めておくよう命じた。一方、魏では秦軍が河西に入ったと情報が入る。河西の戦略について議論するも、公子昂や太子と将軍・龍賈の意見は反発するばかりであった。そんな折、河西返還を求め衛鞅から挑戦状が届く。

秦の本営では、魏の公子昂が出陣したとの知らせが届く。先に進軍していた龍賈軍を全滅させれば、魏軍は恐れおののく可能性がある。そして、過去の例から公子昂は退却するに違いない。だが、魏軍の主力となる鉄騎部隊を逃せば、河西を奪回しても東部と函谷関は取り戻せないだろう。そのために、今回の戦で魏の主力部隊を倒し、一度で決着すると衛鞅は命令する。秦の領土から魏軍を撤退させるべく、衛鞅率いる新秦軍は動き出した。

衛鞅は公子昂に和議を求めるが、公子昂はこれを受け入れなかった。そこで、衛鞅は公平に戦で決めることを提案。ついに衛鞅率いる新秦軍と公子昂率いる魏軍が決戦の時を迎えた。山の上から両軍を観戦する衛鞅と公子昂。結果、圧倒的な強さで新秦軍が勝利した。そこで、衛鞅は人質とした公子昂に魏王へ手紙を書かせ、秦の旧領地の返還を求めることに。一方、この事態を知った龍賈は新秦軍との戦を決断し、河西へと向かう。

紀元前340年、対魏軍との戦に勝利した秦は河西の地を取り戻し、黄河の天然要塞を手中に収めた。秦は改革大成と戦勝に喜び、戦に参戦した全将兵は昇格。衛鞅には商君の称号が授けられる。喜びに溢れる秦国内では、各地で祝いの宴が行われ、咸陽には次々と祝いの品が届く。だが、衛鞅改め商鞅は新法に基づき、昇進に対して私的な贈与を行ってはならぬと法に禁じられた贈り物は返還すると宣言。そんな矢先、渠梁が病で倒れる。

今後の秦が進むべき道について、渠梁は強国を作り、天下統一をすることだと考えていた。渠梁の考えに対し、商鞅は「法治は名君を生み、暗君を退ける」と説く。渠梁は更なる20年後を共に歩もうと乾杯を求めるが、商鞅は新法の礎が根付いた今が去り時だと辞職を願い出た。商鞅の辞職に悩む渠梁は、景監に商鞅が何かやり残したことがないかと尋ねる。すると、景監は10年余前に商鞅と結婚を約束した娘・白雪の存在を明かす。

商鞅は白雪、初めて会う息子と対面。別れから13年もの歳月が流れていた。商鞅は渠梁から辞職の許しを得たことを打ち明け、そして白雪と永遠の愛を誓う。だが突然、顔を隠し、加勢を連れた男が商鞅を襲撃。白雪と荊南の活躍により難を逃れるが、声に聞き覚えがあった商鞅は、正体が秦の元太子右傳・公孫賈だと睨んだ。そんな折、商鞅に「渠梁が重病だ」と知らせが届く。「秦のために」と言う白雪の後押しもあり、商鞅は秦へと向かう。

白雪と再会した商鞅だったが、渠梁が重病であると知り、急いで秦へと引き返した。商鞅は渠梁に、「太子・贏駟を探し、世継ぎを決めるべきだ」と話す。商鞅は景監や車英らに、贏駟を尋ねること、新法で裁かれた罪人の現況を調べること、そして新法で降格となった官吏の現況を調べ上げて動向を把握することを命じた。全ては有事に備え、国の安定を図り、秩序を守るためである。一方、各地を巡る贏駟は白山という青年と会い、ある真実を知る。

景監と商鞅の調べにより、贏駟の居場所を知った渠梁は自ら迎えに行き、両者は対面。そして、渠梁は贏駟を連れて咸陽へと戻る。一方、商鞅は新法で裁かれた罪人の元太子右傳・公孫賈の行方を追っていた。贏駟は隴西の北地を巡った後、関中へと戻り、び県白村に滞在していたことが判明。その際、旅の書生らと論文を記し、竹簡を県府へと送っていた。渠梁は自分が犯した罪を反省し、別人となった駟を認め、正式に太子として任命する。

名医・扁鵲により、渠梁は「活力の病」と診断される。異常はないが全ての臓器が衰弱してしまうという。扁鵲はその原因が精魂を傾けすぎたこと、切迫した全てのことを一気に解決しようとする重圧、恋患いをしていると告げた。そして、渠梁の余命が半年だと知った商鞅はけい玉に何か心残りがないか尋ねる。すると、渠梁の思い人で百里老孫娘・玄奇の存在を明かした。兄を思い、身重のけい玉は玄奇を探す旅に出るが…。

商鞅は太子・駟のもとを訪ねた。改正を加えれば新法は更に完璧になると意見する駟に、商鞅は秦が統一を果たし太平の世となった時に初めて法を変えられると述べる。そんな折、六国の特使が秦に来訪。彼らの目的は太子が新法を貫くか探ることだと商鞅は推測した。一方、渠梁はけい玉から太后が遺言を残していたことを知る。「贏虔は国の大きな災いとなる。密かに殺せ」と書かれていた。その遺言を実行すべく、渠梁は内密に兵を動かす。

自分が殺されることを察知した贏虔は、胡人の名医から人を死んだように見せることが出来る薬を入手する。最長で10ヶ月。確実に生き返る保障はなく、失敗した場合、人体はただの血と化すという。そして、渠梁は「贏虔が死んだ」と知らせを受ける。一方、太后の遺言を守り贏虔暗殺の意図があったことを知った商鞅は、法治を裏切ることが国を滅ぼすことに繋がると非難した。その頃、太子・駟の元に鉄仮面を被った楚の商人が訪ねて来る。

視察のため函谷関を訪ねた渠梁が倒れる。「わが秦は必ず法治を貫け。人治はならぬ」と遺言を残し、志半ばにして渠梁は永眠。紀元前338年、享年46歳であった。これにより、太子・駟が新公に即位。だが、渠梁の死により、二代にわたり秦公に仕えた黒伯は墓前で殉死、王軾は剣を振り回し取り押さえられ、景監はショックのあまり寝込む。一方、渠梁の死を知った魏国では、河西奪回に向けて再び動き出そうとしていた。

渠梁の死を機に、甘龍は新法により没落した貴族たちを集め、失われた勢力を取り戻そうと密かに動き始める。甘龍からの要求は1つ。国政において復古主義者の権力を復活させるため、法の遵守を大義とし、横暴な官吏を消し去ることであった。そして、甘龍は新公に異議申し立てのため参内。商鞅が法に背いて独断で王軾の罪を軽減したこと、改革により商鞅が公正を欠き多くの冤罪者を出していると訴える。戸惑う新公は贏虔を訪ねる。

旧貴族の動きを知るも、商鞅は彼らの名誉回復に反対。景監は新公に商鞅の考えを伝えるが、秦の根幹を成すため恨みを買ってはいけないと異論。段階的な名誉回復の実行が可能であれば、法の範疇で旧貴族を納得させた上に国の安定を図ることも出来ると意見する。同時に、商鞅が退官を考えているため、秦の法と安泰が侵されぬ限りは国政に関与しないと告げた。一方、甘龍のもとに秦の元太子右傳・公孫賈が現れる。

商鞅はけい玉とともに商南へ向かう。そして、渠梁が商鞅護衛のために残した軍を解散し、秦軍へ戻るように命じた。秘密裏に大軍を持てば国中が疑念を抱き、内紛も起きかねない。新法が秦に根付いた今、国民からの信頼を裏切ることは出来ないと説く。一方、甘龍は商鞅が私軍を動かしたと考え、新公に「法に背く行動だ」と訴えていた。新公は商鞅を咸陽へ連れ戻すため軍を派遣。この動きを知ったけい玉は新公が商鞅を疑ったと激しく非難する。

咸陽へと向かう商鞅は途中、魏にいる白雪に会いに行こうとする。だが、魏との国境付近にて公子昂が現れ、「影の参謀となり一生仕えれば、白雪との暮らしを約束する」と提案。だが、商鞅は「逆に自分に仕えた方が楽に暮らせる」と嘲笑い、その場から去った。その頃、荊南から商鞅の状況を聞いた白雪は、息子・子嶺と梅姑を墨家へ連れて行くよう託し、単身で咸陽へと向かう。一方、商鞅は囚われるのを覚悟で、自ら延尉府に赴いた。