社員を激励するために工場を訪れたインジュンは、外回り中のヘラと会う。インジュンは会わせたい人がいると母の納骨堂にヘラを連れて行き、結婚相手だと紹介する。そんな中、４年前のインジュンの日記を盗んだヘラは、姉が倒れた日にインジュンが実家を訪れていたことを確認。ジョンミンから当時のことを聞き出すが…。

ヘラがインジュンに計画的に近づいた証拠として、テオの家で発見した手紙をインジュンに渡したスヒョン。テオにはヘラを殺して手紙の差出人を明かせば腎臓を渡すと取引を持ちかけ、真実を暴こうとする。その頃、インジュンは思い悩んだ末、自分に隠していることはないかとヘラに尋ねる。ヘラは素知らぬ顔でやりすごすが…。

ヒョン室長はジョンホの悪事を隠す代わりに、インジュンに経営権を分けて欲しいとソンスクに告げる。一方、インジュンはヘラが結婚の話が出る前からソンスクに会っていたと知り、彼女への疑いを深める。その頃、マッサージを頼まれてソンスクの邸宅を訪れたソニョンは、ジョンホの妻アジョンが密かに集めた録音テープを聞き…。

ヘラはインジュンから自分と結婚する理由を問い詰められるが、無言でその場から立ち去る。その頃、思いがけずヒョンジュの事件の重要な証拠を手に入れたソニョン。急ぎヘラに連絡するが、そこに車が通りかかり…。ソニョンがヘラのスパイだったことを知ったソンスクは、インジュンとヘラを陥れるため、ある策略を練る。

ソニョンの死にショックを受けるウィゴンは、ヘラに怒りをぶつけて家を出る。一方、チャンスと会って、ヒョンジュの事件を巡るヘラの秘密をすべて知ったスヒョン。インジュンに知らせようとするも、彼は電話に出ようとしない。その頃、ソニョンの死に打ちのめされていたヘラは、ある目的のためにインジュンの自宅を訪れていた…。

ピルスンを殺した犯人のチェ・テジュンを追うソンチョルは、犯人へ繋がる手がかりとなる人物を捜し出す。イルフは近所に住む女子高生のユンギョンが失踪したことを聞かされ、彼女の行方を捜し始める。チョ会長が逮捕され東方派の実質的なボスに成り上がったサンモだったが、実はある人物と手を組んでいた。一方、何者かの差し金でジェムンの先輩であるミン弁護士がテジュンに狙われる。

テジュンを追いかけるうちに顔を揃えた捜査チームの面々は、ジェムンからジンピョンの死を知らされる。しかし、イルフは再びメンバーとして手を組むことを拒む。イルフはユンギョンの行方を、ソンチョルはピルスンの件を、ジェムンは引き続きジンピョンの事件を調べていく中で、各自がおかしな点に気付き始める。そして、特捜３部内に潜むスパイを捜すジェムンは、ある人物に疑いの目を向ける。

ソンチョルがテジュン殺害の容疑者に、また、ジンピョンの車からガンジュの携帯が出てきて、ガンジュはジンピョン殺害の容疑者になってしまう。一方、ユンギョンが運んだ麻薬を売っているボスに会いに行ったイルフだったが、そこに現れたのは予想外の人物で…。ユンギョン失踪とジンピョンの事件が関係していることを知ったジェムンとイルフは、ソンチョル、ガンジュ、ユンギョンを助けに動く。

ソッギを名乗る男の正体を暴くためホテルへ向かったイルフだったが、サンモ一味に取り囲まれてしまう。一方、特捜３部のパク・ジンテ係長を怪しんでいたジェムンは、彼を捕まえようとファン・ミンガプ刑事と共に車を走らせていた。ところが、その道中イルフからの連絡でサンモと繋がっていた人物がファン刑事であることが明らかとなり…。緊迫した車内で繰り広げられる壮絶な攻防戦の行方は。

ついにファン刑事を捕まえたジェムンは、責任を取ると約束したパン検事正に解決を求めるも彼は意外な行動に出る。一方、指名手配犯になってしまったジェムンとイルフら。サンモをおとりにしてジェムンを捕まえようと考えるファン刑事だったが、そのことに気付いたジェムンは逆に一発食らわせることを計画する。果たして、ジェムンはソンチョルとガンジュを助け出すことが出来るのか…。

ジェムンらをおびき寄せることに失敗したファン刑事。逆にジェムンたちの作戦に不意打ちを食らうこととなった。ファン刑事はサンモに少しだけ刑務所に入れと言うが、すんなり従うはずはなく…。一方、仁北洞女子中学生殺害事件の容疑者チェ・ミンチョルの弁護を担当しているミン弁護士だが、その件とユンギョンの件は同じくねつ造されたもので、裏では特捜３部が動いているというのだが…。

特捜３部による事件のねつ造を証明するには、仁北洞事件の目撃者の証言が鍵となる。キム弁護士に同行し目撃者に会いに来たイルフだったが、指名手配犯であることが周囲にバレてしまう。一方、ジェムンは一歩間違えれば自らが捕まってしまう緊迫した状況の下、サンモを使いファン刑事率いる特捜３部を潰しにかかろうとする。そこへ病状が思わしくないソンチョルも捨て身である行動に出る。

パン検事正はペ市長に呼び出される。誓元（ソウォン）拘置所の視察の際、ペ市長がチョ会長と面会していたことを事前に知っていたパン検事正は、会長は出所するために市長を利用しているだけだと忠告するがペ市長は聞く耳を持たない。一方、パン検事正を信じ、サンモを連れて検察を訪れたジェムン。記者会見をすることになったパン検事正は、自らが立ち上げた特捜３部の内部不正を公にするのか、それとも…。

追加拘束令状が棄却され、チョ会長は釈放された。その裏にはペ市長の姉の存在あり、釈放させた代わりにペ市長がもう一度当選できるよう仁西洞再開発の件を手伝ってほしいと会長に告げる。突然の再開発の再開により、仁西洞の河川一体にある市場の人たちはデモを行うが東方派の新しいボスであるイルガンにより潰されてしまう。一方、ジェムンはサンモが拘置所で何者かに殺害されたと知らされる。

パン元検事正の退職後久しぶりに集まったジェムンらは、チョ会長を捕まえるため一丸となる。仁西洞再開発事業の不正が暴かれ、次の選挙で市長になるのが危うくなったペ市長。ペ市長の姉はアメリカにいる娘のセギョンを呼び、何かを企むのだが…。一方、チョ会長が再開発の件から手を引くと発表した日の朝、会長の部下だったキム専務が自殺し、遺書には全て自分がやったことだと書かれていた。

キム専務の死に怪しい匂いを嗅ぎつけたジェムンらは、彼を殺害した犯人を捜し始める。キム専務の所持品のレシートから不可解な点を見つけたソンチョルは、長年の刑事の勘を頼りに捜査し、防犯カメラに映る不審な車を特定する。一方、チョ会長に会いに行ったジェムンは、裏にいる大物は誰なのかとチョ会長に尋ねる。専務を殺害した黒幕に近づくにつれ、ソンチョルにも魔の手が忍び寄る。

キム専務の殺害を指示したのはペ市長の姪のセギョンだった。ソンチョルの死を悲しむジェムンたち。ソンチョルを殺したヤクザの跡をつけ、どうにか捕まえるが…。一方、ペ市長らの会話を盗聴していたソンチョルのメモリーカードが意外な場所から発見される。果たして、ジェムンたちはペ市長、チョ会長をはじめとする”悪いやつら”を捕まえ、権力に正義が脅かされる誓元（ソウォン）市の現状を変えることができるのか…。

イ・バンウォンに２本の矢を命中させたフィは、テリョンに斬られて失神。その場に駆けつけたソノもフィと共に監禁される。暗殺計画の成功を知ったナム・ジョンは息も絶え絶えのバンウォンの元を訪れ、野望を語る。ナム・ジョンに自決を迫られたフィは、ヨンを守るべく自らの体に剣を突き立てるが…。一方、ソノはナム・ジョンがヨンを殺そうとしていることを知り、彼女を連れて家を出る。ヒジェはソ・ソルに代わって梨花楼の行首となることを決意して…。

ソノとヨンはナム・ジョンの手下に襲撃されるが、チドやチョン・ボムに救われる。ソノはフィが無事だという知らせを聞いて安堵し、チドたちにヨンを託す。一方、王宮ではバンソクの世子冊封式が行われる。血まみれの服で現れたバンウォンは、かつてイ・ソンゲを殺そうとしたナム・ジョンが自分の暗殺をも計画したと暴露。密書とフィの証言によってナム・ジョンは捕らえられる。フィは仲間の元に戻り、ヨンやヒジェと再会を果たして平穏な時間を過ごすが…。

ナム・ジョンが差し向けた刺客によって命を絶たれたヨン。フィはすぐさまナム・ジョンの元に押しかけるが、刀に仕込まれていた毒が全身に回り、復讐を果たす前に倒れてしまう。イ・バンウォンはすんでのところでフィを救出し、必ず生かせとチドに告げる。やがて意識を取り戻したフィは仲間たちと共にヨンを荼毘に付すが、罪悪感に苦しむソノは彼らを遠くから見守ることしかできなかった。一方、カン氏は世子を守るため、バンウォンに許しを請うが…。

ヨンの死から６年後の1398年。イ・バンウォンが勢力を増す中、ナム・ジョンはイ・ソンゲを譲位させて臣下主導の国を作るという野望を抱き、根回しに奔走していた。ところが、賄賂の金瓶が何者かに奪われる事件が相次ぎ、ソノは犯人を突き止めて斬ると父に宣言。そんなある夜、再び賄賂の受け渡し現場が襲われ、ソノは暗やみの中でフィと剣を交えるが、顔を確認する前に取り逃してしまう。一方、梨花楼の行首となったヒジェは街でフィを見かけるが…。

竹林に呼び出されたナム・ジョンは、自分の計画を妨害していたのはフィだったことを知る。フィは金瓶を返す条件で取引を持ちかけ、ナム・ジョンから市場の商権を入手。梨花楼に向かい、イ・バンウォンに私兵蜂起の大義名分となる情報を提供し、武器の準備に取りかかる。フィと久しぶりに再会したヒジェは、いまだ毒の後遺症に苦しむ彼を介抱する。一方、ソノはフィの元を訪れ、自分がナム・ジョンへの復讐を果たすと告げてフィを止めようとするが…。

イ・バンウォンの動向を探っていた兄バンガンは、偶然を装ってフィに接近。突然襲いかかって剣を交え、フィの実力を試す。一方、ナム・ジョンは王族を集めて会盟祭を開き、イ・ソンゲに譲位を要求。イ・ソンゲの腹心となったソノは、ナム・ジョンとイ・バンウォンに殺し合いをさせて、同時に始末すればいいと王に進言する。イ・バンウォンはイ・ソンゲが王宮から避難する準備を進めていると知り、最後の望みをかけて、父の意向を確かめようとするが…。

イ・バンウォンはイ・ソンゲの言葉に失望と怒りを感じ、乱を起こそうと決意。フィは志を共にするとイ・バンウォンに告げる。ソノはナム・ジョンが偽の王命で王子たちを誘き出そうとしたと知り、バンウォンに戦の大義名分を与えてしまったことを悟る。一方、イ・ソンゲはイ・バンウォンが王座まで狙っていることに気づき、王宮へ引き返そうとする。フィはこの情報を知らせに来たヒジェに必ず戻ると約束し、復讐を果たすべくナム・ジョンの元へ向かうが…。

イ・ソンゲが王宮に向かっていると知ったバンガンは焦るが、イ・バンウォンはフィを待ち続ける。やがて私兵を引き連れたフィがバンウォンの元に到着。ナム・ジョンに復讐すべく酔月堂を目指すが、そんなフィの前にソノが立ちはだかる。激しい戦いの末、ソノを倒したフィ。死を覚悟したナム・ジョンはフィの前に堂々と姿を現すが、フィはソノの目の前でナム・ジョンにとどめを刺すことをためらう。一方、恐怖に耐えかねて王宮から出た世子バンソクは…。

ナム・ジョンだけでなく、世子の命まで奪ったイ・バンウォン。フィは自らの復讐のせいで多くの命が奪われたという罪悪感に苛まれ、イ・バンウォンの元を離れて静かに生きたいと望む。一方、イ・バンウォンはイ・ソンゲに譲位を迫り、兄のバングァを世子に冊封するよう要求するが、イ・ソンゲは矢を放ってバンウォンを追い払う。父ナム・ジョンが死に、反逆者の息子となったソノは自決を試みる。その場に現れたフィはソノを止め、生きろと告げるが…。

長い戦いを終えたフィは、チドら仲間たちと焚火を囲み、今後の暮らしについて語り合う。一方、ソノはイ・バンウォンに死よりも耐え難い屈辱を味わわされ、復讐を決意。女真族を味方につけ、自分に近づいてきたバンガンを利用しようと画策する。一方、イ・バンウォンはテリョンにバンボンの殺害を命じ、次々と政敵を排除していく。そんな中、イ・ソンゲがバンウォンの乱に関わった者をすべて殺せという命を下し、フィやヒジェは危機にさらされるが…。

ヒジェを連れて逃げたフィは山中で官軍に囲まれるが、イ・バンウォンに救出される。フィは大切な人々を守るため、イ・バンウォンを王位に就けると宣言。怪我を負ったヒジェを看病し、梨花楼で多くの命が失われたことを知って悲しむ彼女を慰める。時が流れ、イ・ソンゲの次男バングァが第２代王の座に就くと、バンウォンとバンガンの対立はいっそう激化する。一方、都から姿を消したソノは女真族の族長となり、バンウォンへの復讐の機会をうかがうが…。

バンガンを油断させるため、酒浸りの日々を送っているように見せかけていたフィは、彼に疑われていることに気づく。バンガンはイ・バンウォンがカン氏の命日に備えて狩りに出ることを知り、この機会を利用して反乱を起こそうと決意する。そんな中、ソノは女真族と共にバンガンの私兵と武器庫を急襲し、計画に従えとバンガンに要求。イ・ソンゲとも密会し、バンウォンを討つ手はずを整える。フィはソノの痕跡を発見し、彼が生きていると確信するが…。

フィを剣で刺したソノは、バンウォンやバンガンだけでなく王や上王も殺すと宣言し、邪魔をするなと警告。バンウォンの私兵の潜伏場所が変わったことをソンノクから聞き、計画を変更して攻撃を開始する。フィはソノの急襲を知り、ソノとバンウォンの両方を救うために親軍衛を率いて戦いの場へ。バンウォンと剣を交えたソノは大怪我を負うが、フィは馬で後を追うふりをしてソノを逃がす。反乱に失敗したバンガンはバンウォンに捕らえられ、投獄されるが…。